Name und Anfänge: Schoneyke und Schonebeke im Landbuch von 1375
Am Lauseberg fanden sich Feuersteinwerkzeuge einer jungsteinzeitlichen Siedlung aus der Zeit zwischen 3000 und 1700 vor unserer Zeitrechnung. Aus der Bronzezeit stammen Siedlungsreste am Weidensee, die das Märkische Museum 1936 und 1937 ausgrub, und in Hohenberge.
Im Gebiet von Fichtenau lag zwischen 100 und 400 unserer Zeitrechnung ein germanisches Dorf mit sieben nachgewiesenen Hausgrundrissen; in Kleinschönebeck folgte zwischen 700 und 1200 eine slawische Siedlung mit zwölf Häusern.
Beide Dörfer dürften um 1230 unter den Markgrafen von Brandenburg angelegt worden sein. Schriftlich fassbar werden sie im Landbuch Kaiser Karls IV.: Kleinschönebeck als „Schonebeke“ im Jahr 1375, Schöneiche als „Schoneyke“ nach Angaben der Gemeinde ebenfalls 1375, nach anderen Angaben 1376.
Der Name leitet sich von einer Eichenschonung ab; die Schreibung Schöneiche taucht 1541 erstmals auf, im selben Jahr heißt das Nachbardorf „Klein Schonbecke“, ab 1624 Klein Schönebeck.
Als erste Grundherren von Schöneiche sind der Berliner Bürger Schlegel sowie Hans und Peter Lietzen überliefert. 1429 tauschte Klaus Lietzen seinen Besitz. Um 1450 lagen Anteile des Dorfes kurzzeitig bei der Stadt Berlin, ab 1480 bei einem Hobeck und danach bei der Familie von Quast.
Kurfürst Joachim I. überließ das Dorf 1527 der Witwe des Hans von Krummensee zur Versorgung auf Lebenszeit; 1529 erhielt die in Altlandsberg ansässige Familie von Krummensee das Dorf als Lehen, also als vom Landesherrn verliehenen Besitz.
Dorfzeit bis 1800: Krummensee, Schindler und das Schloss des Bankiers Schütze
Die Krummensees hielten beide Dörfer über Generationen: 1572 ist Kleinschönebeck erneut als ihr Besitz verzeichnet, 1592 kauften sie die Kleinschönebecker Mühle, und 1610 bestätigte Kurfürst Johann Sigismund ihre Belehnung mit Schöneiche.
Im Dreißigjährigen Krieg blieb Schöneiche weitgehend verschont, während die Kirche in Kleinschönebeck schwer litt; die Kirchenbücher aus der Zeit davor gingen verloren. Seit 1621 lebte dort die Bauernfamilie Grätz, die über Jahrhunderte die Dorfschulzen stellte.
Kleinschönebeck gehörte ab 1643 Georg Friedrich Lotho von Trotten und ab 1651 Erasmus Seydel; dieser verkaufte es 1654 an den Reichsfreiherrn Otto von Schwerin. Zusammen mit der Herrschaft Altlandsberg fiel es 1708 an König Friedrich I. und blieb als Domäne, einem landesherrlichen Gut, in der Verwaltung des Amtes Altlandsberg.
Die Dorfkirche, ein Feldsteinsaal des 15. Jahrhunderts, erhielt um 1680 ihren Turm, 1698 und 1699 Chor und steinerne Westempore sowie 1722 den Kanzelaltar.
Schöneiche ging 1690 an den General Christian Dietrich von Röbel und 1701 endgültig in dessen Besitz über. Severin Schindler, ein Geheimer Rat (hoher Beamter am Hof), erwarb das Gut 1725.
Ein Waisenhaus gründete er 1730; zuvor, 1726, hatte er für 35 Kinder im Schulalter den ersten Schulmeister angestellt, und die Feldsteinkirche ließ er barock umbauen und mit einem Turm ausstatten.
Seine Hinterlassenschaft, zu der das Dorf selbst zählte, floss nach seinem Tod 1737 und dem seiner Witwe 1746 größtenteils in eine Stiftung, die dem Waisenhaus zugutekam.
Es folgten der Bankier Segebarth (1747), Auguste von Oerzen (1753) und der Amtmann Puhlmann (1759), ehe am 7. Juli 1761 der Berliner Hofbankier Friedrich Wilhelm Schütze das Dorf kaufte.
Schütze baute ein neues Schloss mit Park und eine Wachsbleiche; sein Grabmal von Johann Gottfried Schadow aus dem Jahr 1797 steht in der Schlosskirche.
In Kleinschönebeck richtete Pfarrer Raymund Dapp, seit 1778 im Amt, 1793 eine Industrieschule ein, die Kindern neben dem Unterricht praktische Arbeiten beibrachte, und legte eine Maulbeerplantage an.