1800 bis 1914: Chausseen, Kirchenneubau und Bahnanschluss
Zwischen 1806 und 1834 baute man die Straßen der Gegend aus, sodass Werneuchen zur Station für Postkutschen wurde. Ein Granitmeilenstein an der B 158 südwestlich von Werneuchen-Ost trägt die Jahreszahl 1816; seine Inschrift „IV Meilen bis Berlin“ ist inzwischen verwittert.
1865 verwalteten sechs Stadtverordnete und ein vierköpfiger Magistrat die Stadt. In den Jahren 1873 und 1874 entstand die neugotische Backsteinkirche St. Michael nach einem Entwurf von Robert Thiem; die Stadt selbst datiert den Bau auf 1874 bis 1875. Den Chor übernahm man aus der Feldsteinkirche des 13. Jahrhunderts.
Am 1. Mai 1898 ging der Abschnitt der Wriezener Bahn von Lichtenberg-Friedrichsfelde nach Werneuchen in Betrieb; ein örtlicher Verein hatte sich dafür eingesetzt, die Strecke über die Stadt zu führen. 1906 folgten ein Elektrizitätswerk und elektrische Straßenbeleuchtung. Von 1910 bis 1930 entstanden die Siedlungen Rudolfshöhe, Amselhain, Stienitzaue und Werneuchen-Ost.
Die Einwohnerzahl stieg von 1.426 (1875) auf 1.980 (1910).
1914 bis 1945: Fliegerhorst und Jagdfliegerschule
Im Mai 1939 lebten 4.095 Menschen in der Stadt; im Juni 1933 waren es 2.887 und im Juni 1925 erst 2.249.
Einwohner von Werneuchen-Stadt früher
In dieselben Jahre fällt der Bau des Fliegerhorstes: Das Reichsluftfahrtministerium erwarb das Gelände 1935, gebaut wurde von Frühjahr 1936 bis November 1937, und im November 1937 weihte man dort die Jagdfliegerschule Werneuchen ein.
Für den Flugplatz entstand 1936 ein Gleisanschluss vom Bahnhof Werneuchen. Der Fliegerhorst war der Grund, weshalb der Berliner Vororttarif seit dem 15. Mai 1938 bis Werneuchen gilt. Das Gelände mit Lehrgebäude, 14 Mannschaftsgebäuden, Kommandantur, Offizierskasino, Flugleitgebäude und sieben Flugzeughallen steht heute unter Denkmalschutz.
1940 hieß die Einrichtung Jagdfliegerschule 1, Ende 1942 Jagdgeschwader 101; im April 1943 verlegte die Schule nach Südfrankreich. Danach lagen Nachtjagd- und Schlachtfliegerverbände in Werneuchen, einige griffen Anfang 1945 sowjetische Truppen an der Oder an. Am 20. April 1945 besetzte die Rote Armee den Flugplatz.
Nach 1945: Sowjetischer Flugplatz und Kreis Bernau
Die Reichsbahn nahm am 25. November 1945 den Verkehr zwischen Berlin-Lichtenberg und Werneuchen mit vier Zugpaaren wieder auf. 1947 feierte die Stadt ihr 700-jähriges Bestehen; kurz darauf bildeten Werneuchen, Seefeld, Löhme, Hirschfelde, Krummensee und Weesow einen Gemeindeverband. Verwaltungsmäßig lag die Stadt bis zum 1.
Juli 1950 im Landkreis Oberbarnim, danach in Niederbarnim; am 25. Juli 1952 kam sie zum Kreis Bernau im Bezirk Frankfurt (Oder).
Der Flugplatz blieb in der Hand der Sowjetarmee, deren 16.
Luftarmee ihn nutzte. 1951/52 bekam er eine Betonpiste von 2.500 mal 80 Metern, 1953 trafen Düsenbomber vom Typ Il-28 ein, und von 1974 bis 1991 waren MiG-25-Aufklärer stationiert. 1957 stürzte eine Il-28 ab, alle drei Besatzungsmitglieder starben. 1971 kam ein Sonderwaffenlager für Kernwaffen hinzu.
Die Einwohnerzahl der Stadt sank von 4.301 (31. August 1950) auf 3.448 (31. Dezember 1985). 1976 eröffnete die neue Oberschule, die heutige Europa-Schule, und es entstanden neue Wohnungen und Eigenheime. 1989 protestierten Bürger in der Werneuchener Kirche gegen den Staat der SED.
Seit 1990: Amt, Eingliederungen und ziviler Flugplatz
Am 3. Oktober 1990 zählte Werneuchen 3.224 Einwohner. Am 13. Juli 1992 gab der Innenminister grünes Licht für ein Amt Werneuchen, das am 31. Juli 1992 mit neun Gemeinden seine Arbeit aufnahm. Seit dem 6. Dezember 1993 liegt die Stadt im Landkreis Barnim.
Im selben Jahr zogen die letzten sowjetischen Einheiten vom Flugplatz ab, den im September das Bundesvermögensamt übernahm.
Zum 31. Dezember 2001 kam Weesow zur Stadt, am 26. Oktober 2003 folgten Hirschfelde, Krummensee, Schönfeld, Seefeld, Tiefensee und Willmersdorf; das Amt wurde aufgelöst und Werneuchen amtsfrei. Die Einwohnerzahl sprang von 3.964 (Ende 2002) auf 7.578 (Ende 2003), weil nun das gesamte frühere Amtsgebiet zählte.
Im Verkehr bildete das Jahr 2006 eine Zäsur: Am 10. Dezember stellte man den Personenverkehr nach Tiefensee ein, seither enden die Züge aus Berlin in Werneuchen. 2018 baute man den Bahnhof barrierefrei aus. Nach 1990 entstand außerdem ein Gewerbegebiet.
Was Werneuchen heute prägt
Der Markt und die Kirchgasse stehen als Ensemble unter Denkmalschutz, ebenso die Stadtkirche, die katholische Kirche St. Joseph in der Lamprechtstraße und auf dem Kirchhof das Mausoleum der Familie Petitjean.
Daneben erinnern ein Gedenkstein für Otto von Arnim und ein Ehrenmal für den antifaschistischen Widerstand an Ereignisse des 19. und 20. Jahrhunderts.
Der Flugplatz dient als Sportflugplatz mit weniger als 1.000 Bewegungen im Jahr. Wegen illegaler Autorennen teilt ein Erdwall die Piste; geflogen wird nur auf dem östlichen Teil von etwa 1.499 Metern Länge. Flugunterricht geben der Aeroclub Melli Beese und die Ultraleichtflugschule Rosemann.
Die gesamte Stadt Werneuchen zählte am 31. Dezember 2025 insgesamt 9.430 Einwohner. Nach der Abwahl von Frank Kulicke per Bürgerentscheid, wirksam seit dem 13. Juni 2024, gewann Astrid Hildebrand am 13. Oktober 2024 die Stichwahl um das Amt der Bürgermeisterin.
Mit Dziwnów und Ustronie Morskie in Polen besteht seit 1996 eine Städtepartnerschaft.