Name und Anfänge: „zu Kleinen Bern“ im Besitz der von Beeren
Die älteste Erwähnung stammt von 1285 und lautet „zu Kleinen Bern“. Menschen lebten hier schon früher: Am Ort fanden sich eine altsteinzeitliche Knochenflöte und Reste einer germanischen Siedlung, ein Schatzfund stammt aus dem 11. Jahrhundert.
Der Name ist vermutlich von einem anderen Ort übertragen, wobei Behrend im Landkreis Stendal oder Berne in der Wesermarsch denkbar sind.
Vor 1314 gehörte das Dorf der Familie von Beeren, die es wohl vom Kloster Spandau übernommen hatte. 1344 übertrug Markgraf Ludwig „Klyn Berne“ an Mattias von Berne und dessen Bruder Otto. Im Landbuch Karls IV. steht 1375 „Berne parva“, das lateinische „parva“ bedeutet „klein“; 1401 lautet die Schreibung „Lutke Berne“.
In diesem Jahr kam das Dorf als Afterlehen (von einem Lehnsmann weitergegebenes Lehen) an die Herren von Torgow zu Zossen, die Einwohner lieferten acht Scheffel Roggen und sechs Scheffel Gerste.
1450 umfasste die Gemarkung 41 Hufen, zwei davon für den Pfarrer, dazu gab es zwei Kötter (Kleinbauern), einen Hirten und einen Krug. Die Kirche ist ein Feldsteinbau. Nach Angaben des Dehio-Handbuchs begann ihr Bau in der zweiten Hälfte des 13. Jahrhunderts, nach Angaben von Engeser und Stehr eher um 1300.
Zunächst stand dort ein einfacher Rechteckbau mit Süd- und Priesterportal, der Westturm folgte erst später.
1500 bis 1800: Rittersitz, Kriegsverluste und Windmühle
Um 1500 betreute die Pfarre in Mittenwalde das Dorf, 1527 wechselte die Zuständigkeit zu Spandau. 1541 standen dem Pfarrer drei der 41 Hufen zu.
Um 1600 entstand das Gutshaus im Stil der Renaissance, um 1608 baute man es zu einem Rittersitz aus; Christoph von Beeren erweiterte das Rittergut 1609 um drei bäuerliche Hufen. 1624 lebten im Dorf neun Hufner, drei Kötter, ein Pachtschäfer und ein Laufschmied.
Nach dem Dreißigjährigen Krieg bestand die Dorfgemeinschaft 1652 nur noch aus drei Bauern, ihren zwei Söhnen und drei Knechten. Erbteilungen zersplitterten danach den Besitz der von Beeren; erst 1769 führte Hans Heinrich Arnold von Beeren den Sitz wieder zusammen.
Um 1700 wurde die Kirche stark verändert: Der Turm entstand größtenteils neu, die Mauern des Schiffs wurden erhöht und die schmalen Fenster barock überformt.
1711 gab es wieder vier Hufner und drei Kötter, 1725 erschien die erste Windmühle, deren Müller den Platz von den von Beeren auf Grundpacht erworben hatte. 1745 wurde dann der ganze Ort zum Rittersitz, und von 1757 bis 1795 gehörte das Vorwerk Birkholz zum Gut. 1775 taucht erstmals die Schreibung „Klein Beeren“ auf, 1791 entstand eine als „Lustgarten“ bezeichnete Plantage, aus der ein Gut hervorging. 1787 erhielt Hans Heinrich Arnold die Erlaubnis, den Namen „von Geist, sonst von Beeren genannt“ zu führen; er starb 1812 und ist als „Geist von Beeren“ aus Theodor Fontanes „Wanderungen durch die Mark Brandenburg“ bekannt.